Sau 2 ngày giao chiến, đại công tước Karl và quân đội Áo đã làm phá sản cuộc tấn công của người Pháp lên bờ trái sông Donau, đưa đến thất bại quân sự lớn đầu tiên trong sự nghiệp của Napoléon I.[5] Theo sử gia David Chandler, quân đội Pháp chịu thiệt hại rất lớn với ít nhất 2 vạn sĩ quan, binh sĩ thiệt mạng, thương tật hoặc bị bắt[4]. Trong số này có nhiều tướng giỏi như St. Hilaire (chết sau trận đánh do bị nhiễm trùng từ vết thương), Pouzet, Espagne (đều bị giết tại trận), Legrand (bị thương 2 lần) và đặc biệt là Lannes – một trong những thống chế trung thành nhất của Napoléon, đã bị trọng thương do trúng đạn pháo Áo trong lúc đang chỉ huy quân đoàn II rút lui khỏi trận địa.[20] Lannes chết ngày 30 tháng 5 và đối với Napoléon, đây là 1 tổn thất không thể bù đắp. Phía Áo cũng bị thương vong nặng nề, trong đó 4288 người thiệt mạng, 16326 bị thương, 1903 mất tích và 803 bị bắt làm tù binh. Tuy nhiên, trận Aspern-Essling vẫn là 1 thành tích quân sự lớn của người Áo, nếu xét rằng quân đội Pháp là quân đội mạnh nhất châu Âu lúc bấy giờ và đã liên tục đánh bại Áo trong 3 cuộc chiến từ năm 1792 đến 1805.[10][1]

Sau chiến thắng Aspern-Essling, Karl quyết định cho quân ở lại bờ bắc sông Donau để chỉnh đốn hàng ngũ, chứ không phản công chiếm lại Viên và đánh bật quân Pháp khỏi Áo. Thái độ bị động này của Karl vô hình trung đã tạo điều kiện cho Napoléon đúc kết bài học kinh nghiệm từ trận Aspern-Essling và chuẩn bị một cuộc tấn công mới vào Marchfeld.[21][22][11] Đến đầu tháng 7 năm 1809, Napoléon đã tập trung được một lực lượng khổng lồ dọc theo sông Donau, đồng thời công binh Pháp đã xây xong những cây cầu rắn chắc từ bờ nam sông Donau đến Lobau, và từ Lobau đến Marchfeld. Ngày 4 – 5 tháng 7, đại quân Pháp vượt sông Donau lần thứ 2 và hội chiến với quân đội của Karl trong trận Wagram.[23][11] Cũng như ở Aspern-Essling, quân Áo đã chặn được nhiều đợt tấn công của Pháp và gây cho địch tổn thất ghê gớm, nhưng đến cuối trận đánh ưu thế về quân số và pháo binh của Pháp đã đem lại chiến thắng cho họ. Kết quả trận Wagram đã làm suy nhược tinh thần chiến đấu của người Áo và buộc triều đình Áo phải điều đình với Pháp.[24]